A Hercules villát 1958 szeptemberében fedezték fel az óbudai Meggyfa utcában az itteni lakótelepi iskola építése közben. A helyszínt 1958 és 1963 között tárták fel, és még később is folytattak kisebb ásatásokat. A terület vizsgálatakor a teljes alaprajzi és időrendi feltárás nem volt lehetséges, ugyanis az I. világháború idején katonai kórház állt itt, amely építése jelentősen megbolygatta a római rétegeket. Ennek ellenére a tárgyi leletek alapján a villa építését korszakokra lehetett bontani. Wellner István vezető régész összesen két periódust határozott meg.
Az első periódusa a villának a Kr. u. II. század közepére tehető. Ekkor épült meg a villa magját adó nagyjából Kelet-Nyugati tájolású 12×18 m-es téglalap befoglalójú alaprajz, melynek egyetlen nyugati kiugrása egy kisebb fűtőhelyiség volt. Az épület DNy-i sarka az oda épülő iskolaépület miatt nem volt feltárható. A fűtőhelyiséghez közvetlenül kapcsolódó szobában padlófűtés volt kialakítva, és itt részlegesen az eredeti terazzo burkolat is megmaradt. A mellette levő szobába szintén be volt vezetve a fűtés egy nyíláson keresztül. Ez a nyílás egy fűtőcsatornává szélesedett a szobában, amelynek alja a Legio II Adiutrix pecsétes tégláival volt kirakva. Emellett a két helyiség mellett további két másik szoba volt kialakítva, azonban ezekben nem kerültek elő fontosabb leletek. Déli irányban középütt egy nagyobb helyiség található, mely valószínűleg a villa belső udvara volt. Az udvartól keletre és nyugatra további helyiségek voltak kialakítva, kettő közülük egy dupla ajtóval elválasztva egymástól, melynek küszöbkövét is megtalálták az ásatásokkor.
A villa második 
építési periódusa a II. és III. század fordulójára tehető. Ekkor a villát északi és déli irányban is kibővítették. Délre egy íves záródású szobával, melyben a nagyméretű mozaik a Hercules mítoszból ábrázolt jeleneteket. Ugyanígy ez a mítosz jelenik meg az északi irányban épült helyiségek padlómozaikjain is. Északon összesen három helyiséget tudtak meghatározni a régészek teljes bizonyossággal, azonban a villa valószínűleg folytatódott még ebbe az irányba. Az új helyiségek mind rendelkeztek padlófűtéssel, azonban nem a teljes felületen, csupán fűtőcsatornákban bevezetve. Wellner István szerint az északi irányban sorolt új helyiségek egyfajta reprezentatív funkciót láthattak el, míg az íves záródású déli szoba egy kertbe nyílhatott. A régészeti eredmények alapján a Hercules villa egy középméretű villa urbana, azaz városi lakó villa volt, melynek alaprajzi elrendezése nem teljesen tipikus. A jó minőségben megmaradt padlómozaikok emelik ki a helyszínt a többi hasonló lakóépület közül Pannóniában. A mozaikok legértékesebb darabja az északi helyiségsor Hercules és Deianeira mítoszát örökíti meg. Ezen mozaik középső része jelenleg az aquincumi múzeumban található.
A Hercules villában talált kiemelt jelentőségű mozaikok miatt már a kezdetektől nyilvánvaló volt, hogy valamilyen védőépület építése szükséges a romok fölé. A terveket Hegyi Lajos okleveles építész készítette. Elképzelése szerint egy bejárható romkert alakult ki a védőépülettel ellátott romok körül.
A villa romjai közül három rész kapott védőépületet. Az apszisos kialakítású déli helyiség, az északi hármas helyiségsor és egy, a villához közvetlenül nem kapcsolódó fürdő egy része, ahol további mozaikokat fedeztek fel a kivitelezés közben. A déli félköríves helyiség belemetszett az épülő lakótelepi iskola tömegébe, így a tervek bizonyos átalakításával kialakítottak neki egy külön helyiséget, amely a romkert felől közelíthető meg, és ahol lényegében az iskola épülete szolgálja a védelmet. A fürdőt és mozaikjait két darab háromszög alakú vasbeton lemez fedi, amelyeknél a vízszintes lezárást üvegszerkezetek képezik. A három északi helyiséget fedi a nagyobb védőépület, amely 10 lábon álló íves vasbeton szerkezet a tetején felülvilágítókkal és az oldalán felhasításokkal, melyeket szintén üvegszerkezetek töltenek ki. Mivel a romkert területe jelentősen lentebb van, mint a jelenlegi utcaszint vasbeton támfallal van körülvéve a kert, amelynek tetején vályúk vannak virágok ültetésére. A park további részein vörös salakos sétány van, amely a bejárati épülettől vezet végig a villa előtti romokon és végül a védőépületekhez. A fedett területeken túl keleti irányban feltárt romokhoz nem vezet el a sétány, ezek nehezen látogathatók.
A megnyitás után a múzeumban több lopás is történt, így 1988-ban a mozdítható értékeket átvitték az Aquincumi múzeumba és a Hercules és Deianeira mítoszát ábrázoló mozaik emblémát is elvitték a helyszínről. Jelenleg a múzeum látogatására április 1. és október 31. között van lehetőség.
